ההיסטוריה של שאטו מארגו החלה כבר במאה ה-12 אז שמה של הטירה היה “La Mothe de Margaux” והיא שמשה כמשכן מלכות כרמים לא היו נטועים אז בשטחה. רק בשנת 1572 עם השתלטותה של משפחת Lestonnac על השאטו חלקות כרם החליפו את גידולי התבואה ובפתח המאה ה-17 כבר יצרה המשפחה יינות מענבים שבצרה מכרמי האיכות שבשטחה. שם השאטו לקוח כמובן משם האפלסיון בו הוא שוכן – מארגו Margaux. בשנת 1705 הציע העיתון הבריטי הממסדי “The London Gazette” לראשונה יינות בורדו למכירה הרשימה כללה בין השאר 230 חביות של שאטו מארגו. בשנת 1784 ציין ת’ומס ג’פריסון השגריר האמריקאי בצרפת את שאטו מארגו ברשימת 4 יינות בורדו המשובחים שטעם.
לאורך הדורות הוכרו יינות השאטו כמוצלחים במיוחד ובקלסיפיקציה של שנת 1855 הוא זכה למעמד של First Growth מה שאישש את המעמד לה זכה בקרב קהל גדול ברחבי העולם. שורה של אנשים בעלי שיעור קומה פיתחו את השאטו לאורך הדורות חלקם הביאו לשינויים שהקדימו את זמנם באזור כך למשל Berlon היין הראשון שיוצר בבורדו בו נעשתה הפרדה בין ענבים לבנים לבין אדומים יוצר בשאטו מארגו. יין זה בישר גם את החשיבות הגדולה של האדמה ואת השאיפה לאפיון חלקות בהתאם לטרואר.
כיום מייצר השאטו יינות בורדו מסורתיים יחסית. לא אחת נמנע הצוות הניהולי מאימוץ טכנולוגיות חדשניות מבחינתם מעדיפים הם לחשב כל צעד ושינוי במרתף וחוששים לקחת סיכונים שעלולים לפגום בטעמים ההיסטורים של יינות השאטו.
שטח השאטו מונה 2700 דונם מתוכם שליש מוקדש לכרמים שנחלקים 75% קברנה סוביניון 20% מרלו 3% פטיט ורדו ו-2% קברנה פרנק שנטועים על אדמת חצץ מעורבת עם מעט חימר ואבן גיר. הכרמים מנוהלים ברובם הגדול לפי עקרונות החקלאות האורגנית (החל מ-2012 כל הכרמים מהם נבצרים הענבים עבור שאטו מארגו אורגנים בלבד).
יין שני החלו לייצר בשאטו כבר במאה ה-18 אולם את השם הנוכחי Pavillon Rouge הוא קיבל רק בשנת 1906 אז הוא סימל את הבצירים הראשונים “ביום שאחרי” הפילוקסרה ובשאטו נתקבלה החלטה לא לייצר את השאטו מארגו אלא להתמקד ביצור היין השני. רק בשנת 1924 חזר השאטו ליצר את יין השאטו מארגו. בין שנת 1930 לשנת1977 פסק היצור של היין השני וחזרתו נקשרת לכניסתה של אנדרה מצולופולוס לכס הבעלות על השאטו. היין מיוצר מהענבים אשר לא זוכים להיכנס לבלנד הסופי של שאטו מארגו. הסיבות לכך הינן מגוונות: חלקות גפן צעירות מדי שלא מניבות את המורכבות המצופה משאטו מארגו ו/או חלקות שבבציר מסוים ספציפי לא מתאימות לבלנד הסופי וכדומה. בשנות התשעים נוסף אף יין שלישי צעד שהעלה את איכותו של היין השני פלאים!
